Серьезным испытанием явилась война с милитаристской Японией, она потребовала от железнодорожников, особенно дальневосточных, огромного напряжения. Перевозка грузов, связанных с предстоящими боевыми действиями, началась еще в 1944 – 45гг. С декабря 1944г. стала осуществляться переброска к дальневосточным границам вооружения, боеприпасов, горючего, продовольствия. Одновременно развернулась подготовка к массовым перевозкам войск по железным дорогам Сибири и Дальнего Востока. В феврале 1945г. была проведена проверка мобилизационной готовности магистралей Дальнего Востока по обеспечению широкого потока воинских перевозок и намечены меры по увеличению их пропускной и провозной способности, так как состояние этих дорог не отвечало требованиям сложившейся обстановки: не хватало 30 тыс. квалифицированных рабочих. Ранее они были направлены на запад для укомплектования ВЭО и спецформирований НКПС. Туда же были отправлены все запасы рельсов, шпаг, стрелочных переводов и большая часть локомотивного парка.

Необходимо было срочно пополнить железные дороги Сибири, Забайкалья и Дальнего Востока подвижным составом, осуществить ремонт верхнего строения пути, укрепить многие перегоны, развивать станционное хозяйство.

Чтобы улучшить руководство работой восточных магистралей, в апреле 1945г. по решению ГКО был образован Округ железных дорог Дальнего Востока во главе с заместителем наркома путей сообщения В.А. Гарныком. Кроме того, в Округ была направлена большая группа опытных командиров транспорта с западных дорог для организации оперативных воинских перевозок. Уже в течение второго квартала 1945г. число машинистов увеличилось здесь на 2400, помощников машинистов – на 2900, паровозных слесарей – на 3100 человек. Начиная с апреля в распоряжение Округа железных дорог Дальнего Востока стали прибывать 3 эксплуатационно – железнодорожных полка и 3 эксплуатационных отделения, переброшенных из Польши и Румынии, возвращались также все спецподразделения, направленные ранее с восточных магистралей на юго – западные.

В соответствии с приказом наркома путей сообщения И.В. Ковалева от 22 мая 1945г. на Дальневосточной магистрали форсированными темпами были проведены работы по приспособлению тоннельного перехода через р. Амур для пропуска всех видов транспорта и воинских соединений.

Летом 1945г. по линии восточнее Байкала прибывало ежедневно от 22 до 30 паровозов. На всем протяжении от Иркутска до Владивостока (4141 км) Транссибирская магистраль была передана в ведение оперативной группы Управления тыла Красной Армии при Главнокомандующем советскими войсками на Дальнем Востоке маршале Советского Союза А.М. Василевском.

Военные действия СССР и Японии продолжались с 9 по 20 августа 1945г., а 2 сентября 1945г. милитаристская Япония подписала Акт о капитуляции. Наступивший мир был добыт тяжелой ценой. Полному разгрому и капитуляции японских войск в Маньчжурии, Северной Корее, на Сахалине и Курильских островах способствовали и железнодорожники.

В течение всей Великой Отечественной войны (1941 – 1945гг.) Дальневосточная железная дорога выполняла огромную связующую работу по перевозке пассажиров, грузов, осуществляла важнейшие военно – стратегические функции. Все, что было характерным для страны, имело место и на Дальнем Востоке.

За трудовой героизм железнодорожников в годы Второй мировой войны Дальневосточной железной дороге на вечное хранение вручены переходящие Красные знамена ВЦСПС и МПС, Округа железных дорог Дальнего Востока и Красное знамя военного совета Дальневосточного фронта.